Reunión con asesores — 22/09/2026

Notas de la primera reunión con los asesores

Primera reunión con los asesores. Notas tomadas por Artemio y Pamela.

Planteamiento del problema

El problema se plantea en dos etapas, y en ambas la entrada es el SMILES del compuesto.

1. ¿Cruza la barrera hematoencefálica? Es una clasificación BBB+ (cruza) contra BBB- (no cruza). Los asesores mencionaron que existe una base de datos específica para esto.
2. ¿Tiene efecto contra la enfermedad? Si el compuesto cruza, ¿de verdad tiene efecto contra el daño de cierta enfermedad (daño degenerativo, demencia, Parkinson, Alzheimer, inflamación, etc.)? Hay una base de datos con esta información y con SMILES.

Si un compuesto no cruza la barrera, hay maneras de ayudarlo a cruzar. Si cruza solo, está bien; si no, hay que ayudarlo. Por eso importan las dos etapas.

Bases de datos mencionadas

• CMAUP
• NPASS
• ChEMBL

Requisitos y consideraciones

• Explicabilidad basada en el SMILES: quieren saber por qué un compuesto cruza o no la barrera.
• La actividad depende de la concentración: si se evalúa un fármaco a cierta concentración (µM), puede no tener efecto, y al subir la concentración el resultado puede cambiar de negativo a positivo o al revés.

Criterios de éxito

• Que el modelo pueda definir si una molécula cruza o no la barrera, dadas sus características, y a qué diana llegaría.
• Poder decir “estas 5000 tienen en común tal cosa y por eso tienen X efecto”.
• Entre las bases de datos biológicas hay una con muchos efectos. Queremos probar el modelo con esa base y decir, con cierto grado de confianza, cuáles serían los mejores candidatos (“la molécula X puede tener el efecto Y”).
• Incluso encontrar que no hay un patrón puede ser un buen resultado.

Objetivo final

Agilizar la investigación en neurobiología. Si encontramos un patrón, puede salir una publicación interesante. Para eso necesitamos interpretación biológica de los resultados.

Pendientes

Los tres se resolvieron con la investigación documentada en docs/referencias/, aunque conviene confirmarlos en la siguiente reunión.

• Base de datos para BBB+/BBB-. Hipótesis inicial, previa a recibir los datos de la patrocinadora: B3DB, con la propuesta de usar Group para seleccionar registros. Esa recomendación de filtrado quedó supersedida tras auditar el archivo curado; las categorías A–D se conservan para descripción y estratificación, no para excluir filas. Ver la decisión vigente en 02 — Datasets de BBB.
• La base “con muchos efectos”. Es NPASS v3.0: 204,023 productos naturales y 1,048,756 registros de actividad. Ojo con su licencia CC BY-NC (no comercial). Ver 04 — Datos de neuroactividad.
• “UM” sí se refiere a µM. El fenómeno que describieron está documentado: a concentración baja domina el eflujo por glicoproteína-P y el compuesto sale BBB−; al subir, el eflujo se satura y puede dominar la difusión pasiva. Cita textual en el documento 02.

Nuevos pendientes que surgieron de la investigación:

• Conseguir con acceso institucional del Tec: Deo, Theil y Nicolas (2013), Molecular Pharmaceutics 10(5):1581–1595, DOI 10.1021/mp300570z. Es el artículo que aborda más de frente la duda sobre concentración y está tras muro de pago.
• Preguntar a los asesores si el proyecto tiene aspiraciones comerciales, porque la licencia de NPASS lo restringiría.
• Validar con ellos la lista de dianas relevantes para neuroprotección propuesta en el documento 04.
• Confirmar que aceptan el etiquetado de dos niveles (pChEMBL ≥ 5 primario, ≥ 6 como robustez) como respuesta a su preocupación sobre la concentración.